Pierwszy cud na Nowolipkach 1959
Według świadków, wieczorami doszło do objawienia tak zwanej Matki Bożej Muranowskiej Współczującej Miłosiernej. Jej świetlista postać miała ukazać się na tle pozłacanej kuli u podstawy krzyża wieńczącego dach świątyni.
Pierwsze objawienie miało miejsce w środę 7 października. Następnego dnia Matka Boska się nie ukazała, ale przez kolejne 20 dni objawiała się regularnie, przyciągając około 35 tysięcy wiernych z okolicy. Na miejscu pojawili się także funkcjonariusze milicji, którzy kierowali ruchem.
Proboszcz parafii poinformował o wydarzeniu kurię metropolitarną. Ta wydała komunikat, w którym stwierdzono, że rzekomy cud był zjawiskiem naturalnym.
Władze były zaniepokojone religijnymi zgromadzeniami w centrum stolicy, zwłaszcza że przybierały one charakter polityczny i antysocjalistyczny. Tajniacy odnotowali, że wierni śpiewali m.in. pieśń „My chcemy Boga”, zawierającą słowa: „My chcemy Boga w książce, w szkole…”.
Służba Bezpieczeństwa zauważyła również, że pod kościół zaczęły podjeżdżać limuzyny z numerami dyplomatycznymi. Ambasadorzy państw zachodnich chcieli osobiście zweryfikować plotki o religijnej manifestacji w stolicy kraju socjalistycznego. Obserwowano m.in. samochody z ambasad USA i Izraela.
Na słynnym zdjęciu, które obiegło świat, widać samotny kościół z wieżą wystającą z morza ruin dawnego getta. Już w latach 50. legenda o cudownym ocaleniu świątyni z wojennej pożogi wzmacniała przekonanie o jej nadprzyrodzonych właściwościach.
Władze postanowiły pomalować wieńczący krzyż, ale pierwsze malowanie nie powiodło się – źle dobrana farba została zmyta przez deszcz następnego dnia. Wydarzenie to tylko umocniło wiarę, że nad kościołem czuwa siła wyższa, która blokuje działania służb.
Dopiero powtórne malowanie przyniosło oczekiwany przez władze efekt. Tłum udało się jednak rozproszyć dopiero po aresztowaniach – zatrzymano łącznie 766 osób, z czego 375 przyjechało z innych regionów Polski. Wśród zatrzymanych było wielu duchownych.